ในปี พ.ศ. 2532 คณะรัฐมนตรีรับหลักการร่างพระราชบัญญัติ มหาวิทยาลัยบูรพา สภาผู้แทนราษฎรได้ประชุมพิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยบูรพา ลงมติรับหลักการและส่งให้คณะกรรมาธิการการศึกษาสภาผู้แทนราษฎรดำเนินการจนกระทั่ง ในวันที่ 29 กรกฎาคม พ.ศ. 2533 จึงได้รับการยกฐานะเป็นมหาวิทยาลัยบูรพาโดยพระราชบัญญัติ มหาวิทยาลัยบูรพา พ.ศ. 2533 และประกาศลงในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 107 ตอนที่ 131[1][2]

หลังจากแยกตัวเป็นมหาวิทยาลัยบูรพาแล้ว ในปี 2537 สภามหาวิทยาลัยบูรพาจึงได้ให้ความเห็นชอบในภาควิชาวัสดุศาสตร์ - เทคโนโลยีอัญมณี สังกัดคณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา พร้อมทั้งเริ่มรับนิสิตรุ่นแรกตั้งแต่ปีการศึกษา 2538

ต่อมา มีนโยบายขยายโอกาสทางการศึกษาไปยังภูมิภาคของรัฐบาล การจัดตั้งวิทยาเขตแห่งใหม่ขึ้น ณ จังหวัดจันทบุรี วิทยาเขตสารสนเทศ มหาวิทยาลัยบูรพา พ.ศ. 2539 โดยในโครงการจัดตั้งที่คณะรัฐมนตรีเห็นชอบในหลักการแล้วนั้น ให้จัดตั้งวิทยาลัยอัญมณี ณ วิทยาเขตดังกล่าว โดยมีแผนดำเนินการเปิดสอนใน 5 สาขาวิชา ได้แก่ สาขาอัญมณีและเครื่องประดับ สาขาเทคโนโลยีอัญมณี สาขาธุรกิจอัญมณีและเครื่องประดับ สาขาอัญมณีศาสตร์ และสาขาการออกแบบเครื่องประดับ

มหาวิทยาลัยบูรพาได้แปรสภาพเป็นสถาบันอุดมศึกษาในกำกับของรัฐ จากผลของการประกาศใช้พระราชบัญญัติ มหาวิทยาลัยบูรพา พ.ศ. 2550 เมื่อวันที่ 9 มกราคม พ.ศ. 2551 ประกาศลงในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 125 ตอนที่ 5 ก[3] ส่งผลให้ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2551 วิทยาลัยอัญมณีได้เปลี่ยนชื่อเป็น “คณะอัญมณี มหาวิทยาลัยบูรพา วิทยาเขตจันทบุรี”